Η αρχαία Μινώα, περιελάμβανε το κεντρικό τμήμα του νησιού με τα σημερινά χωριά Χώρα και Κατάπολα. Στα Κατάπολα, ένα από τα καλύτερα προστατευμένα φυσικά λιμάνια των Κυκλάδων, στην κορυφή του λόφου της Μουντουλιάς, σώζονται τα ερείπια του οικισμού της Μινώας, που ιδρύθηκε από Σαμίους αποίκους τον 7ο αιώνα π.Χ.Μόνη όμως η Μινώα της Αμοργού έχει με βεβαιότητα ταυτιστεί, ενώ είναι γνωστό ότι υπήρξαν και άλλες Μινώες εκτός των Κυκλάδων, στη Σάμο, στην Παλαιστίνη, στα Μέγαρα και στη Σικελία.
Η πρωιμότερη κατοίκηση του χώρου χρονολογείται στα τέλη της 5ης χιλιετίας π.Χ.Δεν υπάρχουν στοιχεία για τη 2η χιλιετία π.Χ, ενώ η κατοίκηση είναι συνεχής από το 10ο αι. π.χ. ως τις αρχές του 4ου αι. π.Χ, οπότε και εγκαταλείπεται ο οικισμός.
Ανάμεσα στα οικοδομικά λείψανα περιλαμβάνονται τμήματα ισχυρού τείχους και λείψανα Σταδίου και Γυμνασίου, αλλά και ενός ναού του Διονύσου.
Το ιερό της Ακρόπολης θεμελιώθηκε τον 8ο αι. π.Χ. και λειτούργησε αδιάκοπα ως τον 4ο αι. μ.Χ. Αποτελείται από ναόσχημο κτήριο και περίβολο. Άγνωστη είναι η θεότητα που λατρευόταν στο ιερό ως τον 6ο αι. π.Χ. οπότε και αφιερώθηκε στο Διόνυσο Μινωίτη. Στην Ελληνιστική εποχή ο Διόνυσος εξομοιώθηκε με τον αιγυπτιακής προέλευσης θεό Σάραπι, ο οποίος και λατρεύτηκε έκτοτε στο παλιό ιερό.
Στα Κατάπολα, λιμάνι της αρχαίας Μινώας έχει εντοπιστεί θολωτός μυκηναϊκός τάφος, καθώς επίσης ναός του Πύθιου Απόλλωνα του οποίου αρχιτεκτονικά μέλη έχουν εντοιχισθεί στην εκκλησία Καταπολιανή, στον Αγ. Ταξιάρχη και στους Αγ. Σαράντα. Επίσης στο Ξυλοκερατίδι υπάρχουν μυκηναϊκοί θαλαμωτοί τάφοι (13ος – 12ος αι. π.Χ.) και ίχνη οικισμού. Όλες αυτές οι θέσεις βρίσκονται πολύ κοντά σε σύγχρονους οικισμούς(