Ο σημερινός επισκέπτης της Αθήνας μπορεί να επισκεφτεί την τον αρχαιολογικό χώρο της Ακαδημίας που βρίσκεται εκατέρωθεν της οδού Κρατύλου στην περιοχή Κολωνού και Ακαδημίας Πλάτωνος.
Που βρίσκονται τα σημαντικά μνημεία, η Ιερά Οικία Γεωμετρικών Χρόνων, το Γυμνάσιο (1ος π.Χ. – 1ος μ.Χ. αιώνας), όπου αθλούνταν οι μαθητές-φοιτητές, η Πρωτοελλαδική Αψιδωτή Οικία που θα πρέπει να είναι της εποχής του μυθικού ήρωα Ακάδημου και το Περίστυλο Κτήριο (4ου π.Χ. αιώνας), που ίσως είναι το μόνο σημαντικό της Ακαδημίας του Πλάτωνος.
Η Ακαδημία ιδρύθηκε στην Αθήνα γύρω στο 387 π.Χ. από τον Πλάτωνα μετά το πρώτο ταξίδι του (398-390 π.Χ.) στη Σικελία για να οργανώσει αρτιότερα την παιδαγωγική του δράση, αγοράζει ένα κτήμα στους κήπους του Ακάδημου και ιδρύει εκεί όμιλο επιστημονικό, που, κατά την ονομασία της τοποθεσίας, ονομάσθηκε Ακαδήμεια. Έκλεισε οριστικά το 529, όταν καταργήθηκε από τον Βυζαντινό Αυτοκράτορα Ιουστινιανό. Βρίσκονταν σε ένα άλσος του προαστίου των Αθηνών την Ακαδήμεια, αφιερωμένο στον Αθηναίο ήρωα Ακάδημο, από το όνομα του οποίου προέρχεται και η ονομασία της. Ο θρύλος ανέφερε ότι στην είσοδο της Ακαδημίας υπήρχε η επιγραφή: «ἀγεωμέτρητος μηδεὶς εἰσίτω».
«Ο χώρος θεωρούνταν ιερός γι΄ αυτό ο Θησέας είχε κρύψει εκεί την Ελένη και από σεβασμό για την μακρά παράδοση και την ταύτισή του με τους Διόσκουρους οι Σπαρτιάτες δεν θα τον καταστρέψουν όταν εισέβαλαν το 413 π.Χ. στην Αττική.»
Η Ακαδημία συνέχισε τη λειτουργία της σε όλη την περίοδο της ελληνιστικής περιόδου για να διακοπεί η λειτουργία της για τέσσερα χρόνια κατά τον Πρώτο Μιθριδατικό Πόλεμο και την φυγή του Φίλωνα της Λάρισας στο 88 π.Χ. στη Ρώμη. Καθ’ όλη τη διάρκειά της των εννιακοσίων δέκα έξι ετών ακμάζει, υπολειτουργεί, παρακμάζει αλλά και αναγεννάται.
Ο Διογένης Λαέρτιος διαιρεί την ιστορία της Ακαδημίας σε τρεις περιόδους την Παλιά, τη Μέση επικεφαλής της οποίας ορίζει τον Αρκεσίλαο (Μέσης Ακαδημείας κατάρξας) και τη Νέα με πρώτο τον Λακύδη. Μέχρι σήμερα δεν σημειώνονται από μελετητές και ερευνητές αναφορές, ούτε σε σχολάρχες της Ακαδημίας, για τις χρονικές περιόδους(66-119), (136-159), (181-230), (266-359) και μετά το θάνατο του Πρίσκου από το 396 μέχρι το 430.
Όταν άρχισε το 88 π.Χ. ο Πρώτος Μιθριδατικός Πόλεμος ο Φίλων ο Λαρισαίος εγκατέλειψε την Αθήνα και κατέφυγε στη Ρώμη, όπου φαίνεται να παρέμεινε μέχρι τον θάνατό του. Το 86 π.Χ., ο Λεύκιος Κορνήλιος Σύλλας πολιόρκησε την Αθήνα προκαλώντας μεγάλη καταστροφή. Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας «έβαλε τα χέρια του πάνω στα ιερά άλση, και λεηλάτησε την Ακαδημία που ήταν τοποθετημένη στα πιο δασώδη προάστια της πόλης, καθώς και το Λύκειο». Η καταστροφή της Ακαδημίας φαίνεται να ήταν τόσο σοβαρή ώστε η ανακατασκευή και επαναλειτουργία της ήταν σχεδόν αδύνατη. Όταν ο Αντίοχος ο Ασκαλωνίτης επέστρεψε στην Αθήνα από την Αλεξάνδρεια το 84 π.Χ. άρχισε πάλι τη λειτουργία της, αλλά όχι στην Ακαδημία αλλά στο Λύκειο. Ο Κικέρων, που υπήρξε και μαθητής του Φίλωνα, περιγράφει μια επίσκεψη στο χώρο της Ακαδημίας ένα απόγευμα, που ήταν «ήσυχη και έρημη εκείνη την ώρα της ημέρας».
Ο τελευταίος «χρησμός» τον οποίο έδωσε το Μαντείο των Δελφών είναι πασίγνωστος. Είναι η απάντηση προς τον Ιουλιανό τον αποκληθέντα Παραβάτη που είχε στείλει τον γιατρό Οριβάσιο ν΄ αναζωογονήσει το Μαντείο.
«Είπατε τω βασιλεί χαμαί πέσε δαίδαλος αυλά. Ουκέτι Φοίβος έχει καλύβην, ου μάντιδα δάφνιν, ου παγάν λαλέουσαν, απέσβετο και λάλον ύδωρ».
(Πείτε στον Βασιλιά πως κατάχαμα έπεσε ο έντεχνος αυλός, ο Φοίβος δεν έχει πια κατοικία, ούτε δάφνη μαντική, ούτε πηγή ομιλούσα. Γιατί χάθηκε και το νερό που μιλούσε.)
Τον «χρησμό» δεν τον δίνει πια ο Φοίβος αλλά το ιερατείο. Λίγα είναι τα κείμενα, στην παγκόσμια φιλολογία, που ηχούν τόσο σπαρακτικά και σαν πένθιμο σήμαντρο σημαίνουν το τέλος ενός κόσμου.
O δε Γρηγόριος ο Ναζιανζηνός (Κατά Ιουλιανού ΙΙ,32) γράφει: «Ουκ έτι φθέγγεται δρυς, ούκ έτι λέβης μαντεύεται, ουκ έτι Πυθία πληρούται. Πάλιν η Κασταλία σεσίγασται και σιγά και ύδωρ εστίν ου μαντεύομενον αλλά γελώμενον. Πάλιν ανδριάς άφωνος ο Απόλλων. Πάλιν δάφνη φυτό, εστί μύθω θρηνούμενον».
Η πτώση των «εθνικών» είναι ραγδαία. Ο Θεοδόσιος ο Μέγας κλείνει το Μαντείο, διατάζει να καταστραφούν οι ειδωλολατρικοί ναοί και καταργεί του Ολυμπιακούς αγώνες.
Ο Ιουστινιανός κλείνει τη φιλοσοφική Σχολή της Αθήνας και καταστρέφει ή ακρωτηριάζει πολλά αρχαία μνημεία για να πάρει υλικό έτοιμο για να χτίσει την Αγία Σοφία και να διακοσμήσει τη Νέα Ρώμη.
Στα χρόνια της βασιλείας του Ιουστινιανού βρίσκεται σε έξαρση η θεολογική σκέψη, ενώ ο Προκόπιος γράφει τη πραγματεία του Περί κτισμάτων και ο Aγαθίας στην πεντάτομη Ιστορία κάνει κάποια μνεία για την φυγή επτά ελληνιστών διανοουμένων το 532, μεταξύ των οποίων και ο Σιμπλίκιος, στην αυλή του Χοσρόη Α΄ στην Περσία.
