Η πνευματική άνοδος που άρχισε στο Βυζάντιο από την εποχή του Θεοφίλου, συνεχίστηκε. Από το 945 έως το 959, με πρωτοβουλία του του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Ζ΄ του Πορφυρογέννητου, οργανώθηκε στο παλάτι ομάδα από φιλολόγους και επιστήμονες, οι οποίοι συνέταξαν ιστορικές εγκυκλοπαίδειες, εγχειρίδια στρατιωτικής τακτικής, αγροτικές, ιατρικές, κτηνιατρικές εγκυκλοπαίδειες, καθώς και πραγματείες και άλλα βοηθήματα που σχετίζονταν με τη διοίκηση. Ωστόσο, η φιλοσοφία ήταν, όπως και στη Δύση, στην υπηρεσία της Θεολογίας.
Oι Έλληνες φυσικοί φιλόσοφοι και αλχημιστές, υπήρξαν πρόδρομοι Βυζαντινών αλχημιστών των μέσων χρόνων.
Η πρακτική της Αλχημίας, όπως και η θεωρία, εξακολουθούσε να καλλιεργείται τον 8ο αιώνα και στην Κωνσταντινούπολη, όπως μαρτυρεί η εφεύρεση του Γρηγοριανού πυρός και τα συγγράμματα των μοναχών Κοσμά, Ψελλού και Βλεμμύδη. Εκείνη την εποχή, οι Άραβες ανέπτυσσαν έντονα την επιστήμη και η επιστήμη της Αλχημίας μεταβιβάζεται ομαλά από τους Έλληνες στους Σύρους, στη συνέχεια στους Άραβες και, τέλος, στους Λατίνους. Ο 10ος αιώνας ανατέλλει με τη σφραγίδα και το έργο του αυτοκράτορα Λέοντος ΣΤ΄ του Σοφού (866-912). Χάρις στους δύο μεγάλους δασκάλους του, τον Λέοντα τον μαθηματικό και ιατροφιλόσοφο και τον μεγάλο Πατριάρχη Φώτιο, ο λόγιος αυτοκράτωρ ανεδείχθη σε περίφημο επιστήμονα, αλχημιστή και πολυγραφότατο συγγραφέα.
Από τους φιλοσόφους, που ήκμασαν στο Βυζάντιο τον 11ο αιώνα, οι πλέον γνωστοί είναι ο Μιχαήλ Ψελλός και ο Ιωάννης Ιταλός. Ο Ψελλός, πολυγραφότατος και ελληνιστής, άφησε έργα ποιητικά, χρονογραφίες, επιστολές, λίβελους, εγχειρίδια φιλοσοφίας, αστρονομίας και φυσικής, αλλά και αποκρυφιστικά, όπως και αλχημιστικά κείμενα (περί λίθων). Ο Ιωάννης ο Ιταλός, μαθητής, διάδοχος και συνεχιστής του Ψελλού, συγκέρασε την υλιστική φιλοσοφία με τη χριστιανική διδασκαλία και αυτό τον οδήγησε σε σύγκρουση με την Εκκλησία.
Μετά τον Ιωάννη Ιταλό και για ολόκληρο τον 12ο αιώνα, ουδείς επώνυμος αλχημιστής αναφαίνεται στο Βυζάντιο. Αντίθετα, η αραβική διανόηση και επιστήμη (Ιατρική, Αλχημία, Φιλοσοφία) ανέρχονται συνεχώς μέχρι τον 12ο αιώνα, οπότε το παγκόσμιο προσκήνιο της διανόησης επισκιάζει ο πασίγνωστος αλχημιστής, φιλόσοφος και ιατρός Elhalid Mouhamed Ibn Ahmet Ibn Rosched, ο λεγόμενος Αβερρόης, βαθύς γνώστης, μελετητής και σχολιαστής του Αριστοτέλη, ο οποίος θεωρείται ο εκπρόσωπος των Αράβων περιπατητικών φιλοσόφων.
Ο Αβερρόης και οι οπαδοί του, Άραβες και Ευρωπαίοι, θεωρήθηκαν άθεοι από τους Μουσουλμάνους και διώχθηκαν, ενώ συγχρόνως οι χριστιανοί λόγιοι τον χαρακτήρισαν ως προσωποποίηση του δαίμονος.
Υπάρχουν δύο ειδών αλχημικά έργα. Αυτά όπου ο συγγραφεύς έχει πεισθεί για τη ματαιότητα των επιδιώξεων των ερμητικών φιλοσόφων, οπότε κρίνει πως η πραγματοποίηση της φιλοσοφικής λίθου είναι απλώς ένα κίνητρο προς μελέτη, και αυτά όπου ο συγγραφεύς παρουσιάζεται ως «μυημένος», στενά συνδεδεμένος με το «θαυμάσιο μυστικό», οπότε κρίνει πως κάθε διάδοση η οποία αφορά στην εύρεση της φιλοσοφικής λίθου αποτελεί βεβήλωση. Και οι μεν και οι δε κατασκευάζουν ένα συνονθύλευμα από προηγούμενα αλχημικά κείμενα.
Όμως οι Έλληνες Αλχημιστές και φυσικοί φιλόσοφοι, όπως και οι Άραβες μέχρι τον 10ο αιώνα τουλάχιστον, περιγράφουν στα έργα τους με σαφήνεια την προετοιμασία και τον εξαγνισμό ορισμένων σωμάτων, τα οποία χρησίμευαν ως πλαίσιο στηρίξεως των περαιτέρω ενεργειών τους, χωρίς όμως η περιγραφή τους να φθάνει μέχρι τις απώτερες διεργασίες κατασκευής της Φιλοσοφικής Λίθου.
Οι μεταγενέστεροι, όμως, κυρίως συγγραφείς της Δυτικής Ευρώπης και μέχρι τον 17ο αιώνα, φαίνεται ότι παρεξήγησαν αυτή τη διάκριση, και μη λαμβάνοντες υπόψη τις εκθέσεις των προγενεστέρων τους, ως και των χημικών της εποχής τους, αρχίζουν να καλύπτουν τα κείμενά τους με ένα αλληγορικό, συμβολικό έως και σκοτεινό πέπλο.
Αυτός είναι ο λόγος που οι περισσότεροι νεώτεροι ερευνητές υπέθεσαν πως το «θαυμάσιο μυστικό» συνίστατο, βασικά, στην γνώση των ορυκτών σωμάτων και της διεργασίας εκάστου εξ αυτών. Βεβαίως η γνώση των αναγκαίων υλικών για το «Μέγα Έργο» είναι σημαντική, όχι όμως αρκετή για την διεργασία της Φιλοσοφικής Λίθου. Εδώ η Αλχημία διαφέρει τελείως από την Χημεία ή οποιαδήποτε άλλη επιστήμη, σύμφωνα με την οποία η επανάληψη των πειραμάτων πάνω σε σταθερά δεδομένα είναι δυνατή.
Στην Αλχημία αυτό δεν μπορεί να συμβεί, διότι αυτή η Θεία και Ιερά Τέχνη συνίσταται στην ανάπτυξη μίας ορισμένης ύλης στον υψηλότερο βαθμό τελειοποιήσεως. Από την άποψη αυτή λοιπόν, μοιάζει περισσότερο με την γεωργία, καθώς, και αυτή, συνίσταται στο να φέρει το όποιο φυτό στον τελειότερο βαθμό ωρίμανσης, ένα αποτέλεσμα που ποτέ δεν είναι απολύτως ίδιο με αυτό, το οποίο θα δώσει παρακείμενος αγρός άλλου αγρότη.
Oι αλχημικές διεργασίες δε, δεν μοιάζουν με τα πειράματα του χημικού, αλλά συγγενεύουν περισσότερο με την εργασία του αρτοποιού (εικ. 13), ο οποίος, ενώ γνωρίζει πόσο προζύμι πρέπει να βάλει για να φουσκώσει το ψωμί του, μερικές φορές αυτό μπορεί να αποτύχει ή και να καεί στον φούρνο, αν ο αρτοποιός τυγχάνει να είναι ασθενής, σωματικά ή ψυχικά. Και φυσικά, ποτέ το ψωμί που παράγει ένας αρτοποιός δεν είναι απόλυτα ίδιο με το προϊόν του γειτονικού φούρνου.
Για την επιτέλεση του Μεγάλου Έργου δεν χρειάζονται μόνο τα σωστά υλικά, αλλά και η ήρεμη, αυτοκυριαρχούμενη, χωρίς εσωτερικά πάθη, ψυχική διάθεση του μύστη, ο οποίος θα χειρισθεί τα στοιχεία που θα οδηγήσουν στην δημιουργία της Φιλοσοφικής Λίθου. Διότι, εν κατακλείδι, ο απώτερος σκοπός της Αλχημίας είναι η μετουσίωση του ιδίου του αλχημιστή. Οι δε διεργασίες για την επίτευξη του «θαυμασίου έργου» δεν είναι παρά μια «στενή και τεθλιμμένη ατραπός», η οποία οδηγεί στην απελευθέρωση του Πνεύματος.
